首先查明逾期未認證原因，原因是否屬于國家稅務總局公告［2011］第050號《關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》中客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期情形。
如果是就經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，會允許納稅人繼續抵扣其進項稅額；如果不屬于客觀原因類型，那么是抵扣不了的。
根據國家稅務總局公告［2011］第050號《關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》的規定：對增值稅一般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。增值稅一般納稅人由于除本公告第二條規定以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關規定執行。
（一）因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；
（二）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；
（三）有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網絡故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；
（五）由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期
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