1.在做賬單據方面：由于小規模納稅人原始票據不多，單據比較簡單，因此在代賬記賬上比較簡單，而一般納稅人銷售總額比較高，票據多，記賬復雜，一般納稅人涉及企業所得稅的認證和抵扣增值稅，操作過程比較復雜。很多關鍵環節務必跟消費者明確，因而，代理記賬公司很多狀況下能選擇上門服務。
2.在稅務申報次數上不同：小規模納稅人是按季報稅的，一般納稅人則是按月稅務申報的公布稅申請辦理次數明顯不一樣。
3.記賬標準不同：一般納稅人的賬務標準比小規模納稅人高，代理記賬方面的區別也比較大。一般納稅人每個月全是有銀行對賬單、工資明細表和各式各樣記帳單據等要設置明細結轉成本，小規模納稅人不一樣。
4.賬務審核不同：
由于一般納稅人的企業所得稅有進項票抵扣增值稅最新項目，很多公司會去買假,發票回家了抵扣增值稅，稅局對這一情況核查十分苛刻，因此，一般納稅人的核查會比小規模納稅人稅款核查更加苛刻，核查操作程序也會比較復雜。
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