第一，人們對企業稅務籌劃這一范疇的內涵、外延沒有真正理解，將之與偷、逃、避稅等混淆起來，認為稅務籌劃就是偷、逃國家稅款；其最終目的就是為了減輕稅收負擔。一些企業制造假憑證、假賬目，有些甚至設置兩套賬來隱瞞企業的營業收入和利潤，以達到少繳增值稅、營業稅和所得稅的目的。這些行為雖能減少稅收支出，但并不是稅務籌劃，而是偷逃稅、是違法行為，是對稅務籌劃的錯誤認識。
第二，忽視籌劃成本的存在。稅務籌劃在可能給企業減輕稅收負擔、帶來稅收經濟利益的同時，也需要企業為之支付相關的成本和費用。企業為選擇稅務籌劃方案而付出的稅收法律政策的研究，為實施稅務籌劃組織相關人員的培訓費用，借助稅務代理中介機構實施稅務籌劃的代理費用等等都應當視為稅務籌劃的成本。如果納稅人的稅務籌劃成本小于實施稅務籌劃增加的收益，該稅務籌劃才能認為是成功的，一旦企業稅務籌劃成本大于籌劃收益，即使稅收負擔降低了很多，該稅務籌劃仍然是失敗的籌劃、是得不償失的。
（二）目標誤區
第一，以減少短期稅收支出為目標。企業在進行稅務籌劃時，著眼于短期或者當期的稅收好處，只考慮當期直接利益的多少，而不顧及企業的長期利益，缺少長期經營的稅負規劃。如企業為了獲得通常的“兩免三減半”，而進行企業的分立或合并，而不考慮企業分立或合并會不會給企業的長期經營績效造成負面影響。
第二，直接以稅務支出最小化為企業籌劃目標。稅務籌劃是為了獲得相關的財務利益，使企業的經濟利益最優化。從結果看，一般表現為降低了企業的稅負或減少了稅款交納額。因而很多人認為稅務籌劃就是為了少交稅或降低稅負。如有的企業以減少稅務支出為最終目標，運用分期收款形式進行收入的稅務籌劃，達到延緩納稅，獲得資金時間價值，最終減少稅務支出的目的。企業如果以戰略性目標來看，分期收款銷售方式雖能給企業帶來延緩納稅的利益，但同時也存在被客戶較長時間占用資金的損失，所以采用這種稅務籌劃，應該不僅考慮到減少稅務支出，還要預測損失的資金成本能否通過延緩納稅得到補償。
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